Op 22 mei 2017 heeft de ACM geconstateerd dat NS de Mededingingswet heeft overtreden en hiervoor een boete van € 40.950.000 aan NS opgelegd. Op 27 juni 2019 heeft de rechtbank Rotterdam het beroep van NS hiertegen gegrond verklaard. De boete blijft hierdoor niet in stand. De ACM heeft hoger beroep ingesteld tegen deze uitspraak.
Onderzoek openbaar ministerie
Het openbaar ministerie (Functioneel Parket 's-Hertogenbosch) is in 2015 een strafrechtelijk onderzoek gestart naar mogelijke strafbare feiten in verband met de aanbesteding voor het openbaar vervoer in Limburg. Er is een dagvaarding uitgebracht aan NS Groep NV. Op 21 december 2017 heeft de Rechtbank Oost-Brabant NS vrijgesproken ten aanzien van twee aan NS ten laste gelegde feiten en is het openbaar ministerie niet-ontvankelijk verklaard ten aanzien van een derde aan NS ten laste gelegd feit. Deze uitspraak is ook – voor zover dezelfde feiten aan hen ten laste waren gelegd – gedaan in de zaken tegen de andere betrokkenen. Het openbaar ministerie heeft hoger beroep ingesteld tegen het vonnis van 21 december 2017. Onbekend is nog wanneer het hoger beroep door het Gerechtshof zal worden behandeld.